華大智造劉健:基因測序中的超摩爾定律
近幾年,國內(nèi)以華大基因?yàn)榇淼?span id="qqsuugs" class='hrefStyle'>基因測序企業(yè),竭盡全力地幫助市場教育,基因測序服務(wù)的新興公司也漸漸增多。人們對基因測序有了更多的認(rèn)識,需求開始被刺激出來,包括AI、大數(shù)據(jù)與基因測序的結(jié)合應(yīng)用,這理應(yīng)會觸發(fā)基因測序的一個爆點(diǎn)。
然而,整個基因測序市場依舊不慍不火,其癥結(jié)到底是什么?答案則是成本。
最開始,很多人認(rèn)為基因測序“不接地氣”的很大部分原因則是測序服務(wù)貴,而測序服務(wù)貴的重要原因之一則是測序儀的技術(shù)問題而導(dǎo)致的時間成本和資金成本高。很明顯,從整個產(chǎn)業(yè)鏈條來看,作為上游企業(yè),測序儀廠商的技術(shù)突破和成本下降對整個行業(yè)的發(fā)展有著舉足輕重的作用。
“實(shí)際上,今天無論是價格,便攜程度,還是方便程度,基因測序儀已經(jīng)和在醫(yī)院的大多常規(guī)設(shè)備很接近。但可能還是價格太高,一般的用戶承受不了,同時大家對基因組學(xué)還有點(diǎn)陌生,認(rèn)知在慢慢變化中!比A大智造執(zhí)行副總裁劉健說。
今年1月,基因測序行業(yè)巨頭Illumina推出iSeq 100,被稱為“低成本”、“小尺寸”、“高精度”為優(yōu)勢的新型DNA測序儀。當(dāng)時,此消息在行業(yè)內(nèi)掀起了一波熱議。如果說iSeq 100讓業(yè)內(nèi)人感受到了極大的安慰的話,華大智造的基因測序儀MGISEQ-T7則會讓很多人驚喜。
2018年10月25日,華大智造發(fā)布了超高通量基因測序儀MGISEQ-T7(以下簡稱 T7)。T7被稱為“超級生命計算機(jī)”,是一臺靈活、快速、超高通量的基因測序儀,擁有超高的日生產(chǎn)能力,日產(chǎn)出數(shù)據(jù)高達(dá)6Tb。據(jù)悉,T7的 4 聯(lián)芯片平臺采用獨(dú)特的芯片搭載技術(shù),可實(shí)現(xiàn)4張芯片進(jìn)行完全獨(dú)立的測序流程,如同 4 臺測序儀同時進(jìn)行工作,且芯片間互不影響。同時,MGISEQ-T7可同時支持全基因組測序、超深度外顯子測序、表觀基因組測序、腫瘤大Panel 基因檢測。也就是說,用戶可以按照他們的不同需求隨時隨地進(jìn)行同時測序,并可以最大程度地節(jié)省時間。MGISEQ-T7測序速度提升到行業(yè)最高水平的50%以上。
“日產(chǎn)出數(shù)據(jù)高達(dá)6Tb ”對于基因測序行業(yè)來說是怎樣的突破?劉健做了詳細(xì)地解釋。“每個人的全基因組信息都有30億個堿基,一個堿基有四種可能性如ACGT。相當(dāng)于ACGT四種組合有30個億的排列。我們測一個人的全基因組時,會深度測試,所以說一個人的全基因組量大概是一百個 G!彼e例說,上個世紀(jì)末,全世界六個國家共同做了一個項目——人類基因組計劃。當(dāng)時,六個國家花了13年,耗資30多億美金,測出來一個人的全基因組。而T7一天可以測6Tb的數(shù)據(jù),也就是可以測60個人的全基因組數(shù)據(jù)。
“以前需要十三年測一個人,現(xiàn)在只需要一天能測60個人。原來花幾十億美金,到現(xiàn)在我們一個全基因組測試的價格可能都不到600美金。這就是基因測序中體現(xiàn)的超摩爾定律!眲⒔⊙a(bǔ)充說道。
各大媒體爭相報道MGISEQ-T7,“6Tb代表著全球行業(yè)內(nèi)的最高水平”,“超級生命計算機(jī)”,T7獲得了很高的評價。那么,T7對于行業(yè)來說究竟有什么樣的影響?華大智造的愿景是怎么樣的?
“我們希望5年完成超越,給行業(yè)的下游企業(yè)或者臨床診斷提供一個基本的可以選擇的權(quán)利!眲⒔∫痪湓捒偨Y(jié)了華大智造的努力方向;驕y序行業(yè)的巨頭Illumina,目前市場占率高達(dá)70%!拔覀冑I東西的時候都不希望出現(xiàn)一個情景:沒得選,只能買一家的產(chǎn)品,這是自由度的降低!眲⒔∈冀K認(rèn)為選擇是一種良性競爭,可以進(jìn)一步地推動這個行業(yè)的發(fā)展,提高各自產(chǎn)品的競爭力。說到巨頭如何超越,劉健表示T7的速度更快,測序成本較低。“測序成本低是我們一直以來的優(yōu)勢。T7是有可能第一臺實(shí)現(xiàn)個人全基因組測序從1000美金進(jìn)入到100美金的機(jī)器!彼f。
在不斷降低測序成本的同時,華大智造也在努力專研基因測序機(jī)構(gòu)與企業(yè)能夠承擔(dān)得起的測序儀。劉健表示,“我們收購CG之后,做了很多產(chǎn)業(yè)轉(zhuǎn)化,包括把生產(chǎn)全部都轉(zhuǎn)移到了國內(nèi),把技術(shù)里面的很多原材料國產(chǎn)化,就在這個過程中,我們掌握了大量的核心的技術(shù),包括研發(fā)和生產(chǎn)的技術(shù),把成本做到大幅降低!彼忉尩,“我們希望新科技造福人類,盡可能讓技術(shù)被普及,被大家所認(rèn)可,并且用到大眾的生活中去。這樣才能改變基因測序在常人眼里遙不可及的形象!
雖然華大智造是一家優(yōu)秀的測序儀企業(yè),但如果我們認(rèn)為華大智造只是一個測序儀硬件制造廠商,那則會看得非常局限。“我們的主線其實(shí)是圍繞生命數(shù)字化的過程!眲⒔(qiáng)調(diào)道,“其中,我們最擅長的地方就是生命的起源,所以基因是我們的重點(diǎn),但同時我們也不會忽略其他生命數(shù)字化的工具!彼a(bǔ)充說。
所有的生命體都是經(jīng)歷了DNA,RNA,蛋白質(zhì),小分子,細(xì)胞,個體或組織,再到整體的過程,生命的源頭是來自于DNA。所以研究生命的數(shù)字化也要尊重生命體的規(guī)律,從源頭切入。據(jù)劉健介紹,目前,華大智造的大部分產(chǎn)品都是圍繞基因測序領(lǐng)域展開,如基因測序儀,還包括基因測序儀的耗材、試劑盒,處理血液、毛發(fā)、唾液的前處理設(shè)備等等。
除了基因測序以外,華大智造也有分析測序數(shù)據(jù)的產(chǎn)品,如生信分析加速產(chǎn)品MegaBOLT。例如腫瘤數(shù)據(jù)的分析較常規(guī)數(shù)據(jù)更為耗時,而使用MegaBOLT,可以帶來15倍以上計算速度的提升。同時,MegaBOLT 也將上線BGI Online云計算平臺,為接下來的基因數(shù)據(jù)的分析提供了更加靈活高效的解決方案。此外,在遠(yuǎn)程超聲和智能超聲、核磁共振等方面,華大智造也在和別的企業(yè)一起合作,形成良性互補(bǔ)。
“我們希望大家可以很容易地將技術(shù)用起來,所以需要把整個產(chǎn)業(yè)鏈上的使用門檻都打破!彼f。但是需要打破產(chǎn)業(yè)鏈的使用門檻,對于技術(shù)實(shí)力的要求則非常高。而劉健表示,技術(shù)團(tuán)隊方面的實(shí)力則正是華大智造的優(yōu)勢特點(diǎn)!拔覀兂闪⒉坏饺,在800人的團(tuán)隊中,研發(fā)人員比例已經(jīng)超過50%,這里面包括機(jī)器硬件,芯片的、試劑、應(yīng)用等領(lǐng)域的人才!睋(jù)他透露,華大智造在收購了CG后還保留了近百人的研發(fā)團(tuán)隊。
而且,值得一提的是,華大智造專門有一個團(tuán)隊專注前沿性的跨界的技術(shù)。“因?yàn)槲覀兿嘈趴缃绲募夹g(shù)會改變一個行業(yè),所以我們高度重視,同時會評估這些技術(shù)在自身業(yè)務(wù)的不斷擴(kuò)展中,是否可以融合!彼f。值得一提的是,這樣的實(shí)踐已經(jīng)在悄然進(jìn)行,華大智造在考慮將 AI 技術(shù)與基因測序相關(guān)的產(chǎn)品結(jié)合。

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